合作市位于甘南藏族自治州北隅，青藏高原与黄土高原交汇地带，东连卓尼县，南靠碌曲县，西接夏河县，北倚临夏回族自治州和政、临夏两县。全市总面积2670平方公里，全市现辖6个乡，4个街道办事处，即佐盖多玛乡、佐盖曼玛乡、卡加道乡、卡加曼乡、勒秀乡、那吾乡，通钦街道办、当周街道办、坚木克尔街道办、伊合昂街道办。有39个村民委员会、8个社区、249个村民小组。全市有藏、汉、回等18个民族，总人口9.03万人。合作市城区平均海拔2960米，年均气温1.7℃，面积11.4平方公里。城区外高内低，南北长而东西窄，位于四周抵岗环拱的一片椭圆形沉积山间盆地中。当周山横亘于南，太子山遥峙于北，央曲河(又称格河)在南向北蜿蜒流淌。而盆地之上为翠岭碧野，茫茫苍苍。
合作市有合作寺、岗岔寺、美武寺、乔吾塘寺等13处藏传佛教寺院，国道213线南北贯通市区，是甘肃省会兰州通往四川九寨沟的接待中心。市境内有安多藏区佛教名刹米拉日巴九层佛阁和神奇美力的当周草原，有高耸入云的阿尼念卿(太子山)、风光旖旎的勒秀洮河风景区、奇特的岗岔溶洞等。
合作市是古“丝绸之路”的商埠重镇，自古以来就是中原、西蜀与安多藏区(即甘、青、川藏区)连接的重要枢纽，素有“丝绸南路香巴拉”的美誉。
藏汉历史文献记载及多次考古发掘的研究成果证明，很早以前，合作地区便有人类在生活，泛称“羌”或“西羌”。他们以畜牧业为主，也有一定比重的农业。迨及公元4世纪初叶(西晋末年)，鲜卑慕容部酋长吐谷浑率众700户，由辽东西迁至西羌地区，其子孙与当地羌人杂居，并统一羌人部落，立国号为吐谷浑。西魏、北周时期，在合作北面设置河州枹罕郡，合作地区北部属其辖;在合作南面设置洮州美相郡，合作南部地区属其辖。隋代统一全国，废州设郡，逐吐谷浑人至青海。唐代，合作地区北部属河州，南部属洮州。此时，内地政府迁徙罪人囚犯至甘南地区屯田守边。在合作地区北部修筑军城一座，后人称“江卡拉城”。合作市区南部和北部至今犹存多出垦田遗址。北宋时期，吐蕃后裔唃厮啰统一甘青川藏族部落，在合作地区东部红山脚修建寺庙，以宗教约束藏族人民。
自先秦开始，到唐宋时期，青藏高原先后出现了很多少数民族地方政权。合作地区恰好处在青藏高原与内地的东南交界处，是高原民族政权与内地政权交流、沟通的前沿重地。
西汉至唐宋，是甘南地区交通的开拓和形成时期，合作也因为特殊的地理位置，逐渐成为各交通线路上的要道驿站。由于征战和军事运输以及商业贸易的需要，道路交通开始从内地向青藏地区拓展。这一时期，合作地区作为内地与青藏高原的交通枢纽，交通线路已较为发达，东可经岷州越陇山而至长安;南可入蜀地到达成都平原，越云贵而抵达南海，进而到达东南亚及印度;北通河州，经河西与西域古道相接;西经河南道可直达青海、西藏。
吐谷浑人在长达300余年的统治期内，打通和开辟了历史上著名的“丝绸南路”，使之成为中原联系西域、西藏、印度的重要通道。合作地区正处在这一通道的中段。
公元7世纪，松赞干布统一西藏高原、建立吐蕃王朝之后，向东扩张。到唐宝应元年(762年)，吐蕃正式占领洮州，统治甘南大部分地方，至公元1073年，甘南全境归吐蕃管辖。吐蕃近200年的统治，对开发青藏高原，发展藏汉关系贡献很大。唐蕃之间长达数百年的交往，打通了连接“丝绸之路”的唐蕃古道。合作地区就位于这一历史线路的重要支道上。
唐宋时期，茶马户市兴起，两朝先后在与合作地区毗邻的河州、洮州、松潘三地设立“茶马司”，以内地茶叶换回藏地之良马，延续数百年不息。合作多为边地驿站，曾经一度有重军维护茶马道的畅通。
明代中期，吐蕃军队军官玉察后裔乐加鲜兄弟率部到达合作地区，兄居合作，弟住扎油。自此以后，合作地区的藏族部落逐步定居，各据一方，逐步形成部落联盟。清代，随着藏传佛教的兴起，各地相继建起寺院，逐步形成政教合一的制度。
明末清初至解放前后，合作地区仍被称为“黑措”，仅有寺院“塔哇”一隅的小集市，在此基础上发展成拥有三条不足百米的狭窄的小街道，房屋低矮，破败不堪，户数不过三四百。街上只有几家杂货铺，还有供过往脚户、旅客、商贩打尖歇脚的客栈、车马店。寺院一年一次收取地皮费。治安情况不佳，劫匪时常出没，因而市面冷落、萧条。
合作地区在历史上除去严重的自然灾害外，还有人为的无休止的战争蔓延，纠纷不止，兵燹不断。清光绪十五年(1889年)五月，拉寺与黑措寺为珍珠滩归属引起械斗。二十四年(1898年)，美武与黑措因事发生纠纷，河州总兵马安良查办。二十六年(1900年)九月，岗岔僧俗欲归拉寺，佐盖与岗岔之间由此发生械斗，一天中双方死伤30余人，岗岔一村落被焚毁。由欧拉藏族李成虎(汉名)率领的骑兵队，奉拉卜楞保安司令部之命维持地方秩序，公务时常受到寺院阻挠抵制。1928年，“河州事变”导致河州、临潭回、汉6000余人逃到黑措、卡加、陌务等处。1942年7月，黑措四沟藏族群众500余人占据要地，包围黑措街区，以黑措卫生院任意砍挖玛尼神泉、毁灭宗教及军警荼毒人民为由，暴动起事，后被拉卜楞保安司令部弹压。常言道：“安定则兴，宽恤则荣，实干则成”，无休止的干戈纷争使人口减少，经济凋敝，只有稳定的社会环境才是社会经济迅速发展的重要条件。
1953年，甘南藏族自治州人民政府成立，首府设在夏河拉卜楞。1956年，鉴于黑措地理位置优势，将州府从夏河拉卜楞迁至黑措，取谐音命名为“合作”，寓各民族团结和谐之意。因其地处夏河县，定建制为“合作镇”。合作从此成为全州政治、经济、文化的中心。为了进一步加大民族地区改革开放的力度，1996年6月，经国务院批准，甘肃省人民政府通知设立合作市，经过筹备，合作市于1998年元月1日正式挂牌成立。
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